2006年2月10日，国务院对国家发改委、水利部、环保总局和南水北调办商有关部门报送的《关于丹江口库区及上游水污染防治和水土保持规划的请示》（发改地区[2006]104号）进行批复（国函[2006]10号），原则同意《丹江口库区及上游水污染防治和水土保持规划》（以下简称《规划》），并要求湖北、河南、陕西省人民政府和国家发改委、水利部、环保总局、南水北调办等10部办委局认真组织实施，力争通过5到15年的努力，确保丹江口库区水质长期稳定达标，库区及上游地区水土流失得到有效治理，生态环境得到明显改善。

国务院从七个方面对《规划》请示进行了批复。批复指出，《规划》是丹江口库区及上游水污染防治和水土保持工作的重要依据。《规划》的实施，要立足当前，着眼长远，突出重点，统筹安排，强化管理。要遵循“预防为主、保护优先”的原则，防止产生新的污染源和水土流失，切实做好近期防治工作，加强水源地保护。

批复明确，河南、湖北、陕西省人民政府是《规划》实施的责任主体，《规划》涉及的近期项目纳入南水北调中线一期工程总体方案，与南水北调主体工程同步实施，所需资金列入南水北调中线一期工程总投资，从中央财政、地方自筹和社会融资等多渠道筹措。远期项目逐步纳入地方国民经济和社会发展规划。

批复要求，三省人民政府和国务院有关部门要加强对《规划》实施的领导和协调，建立联席会议制度，要将《规划》内容纳入地方“十一五”国民经济和社会发展规划，并结合本地区实际制定实施计划，逐级落实防治目标和任务。

批复强调，对《规划》中涉及的建设项目，要认真做好前期工作，合理确定建设规模和投资，并按基本建设程序报批后逐步实施。项目建成后，要加强运营管理和监督，充分发挥投资效益。各有关地区和部门要加强领导，统筹协调，密切配合，共同努力，确保《规划》顺利实施，确保南水北调中线调水水质安全。