19世纪未开始，氯被用来消毒饮水，一百多年来的实践使氯化消毒饮用水己达到了自动化的程度。但20世纪70年代，美国科学家发现氯可与某些碳氢化合物反应产生致癌物质，表明氯杀死水中细菌病毒的同时，也会产生一定危害人体健康的物质。

美国曾于1975年1月—4月80个城市的自来水厂进原水和自来水卤代烃类物质逐项的检测。检测结果表明，原水平均含氯仿0.36ug/L，氯仿含量增加了125倍。日本大阪市1976年5月对柴岛、庭洼和丰野三座自来水厂的原水与自来水中氯仿含量进行对照检测。检测结果表明，原水含氯仿0.7—0.9ug/L，自来水中含氯仿40—55.6ug/L，而氯消毒后的自来水中，氯仿含量增加了近60倍。

美国癌研究所试验证明，三氯甲烷和四氯化碳能引起大、小白鼠发生肝癌和胃癌。为此美国环保局规定，饮用水中总有机卤化物含量不能超过100ug/L。水中有机卤化物对人体的危害尚未完全弄清，它的危害程度正在研究讨论中。

现已发现经氯消毒饮水产生的副产物已超过百种，它们对人体的危害已引超人们的重视。氯化过程产生的消毒副产物有氯仿、四氯化碳等有机卤化物。天然水中的腐殖质是氯化中形成有机卤化物的主要前驱物。氯化天然水除产生氯仿、四氯化碳以外，还可生成二氯溴甲烷、一氯二溴甲烷，三氯酚和二氯乙腈等。这些化合物是致癌或致突变物。当水中含有溴化物时，氯化产生氯溴甲烷，其毒性比三氯甲垸更强。氯化有机物有两类，一类是挥发性的氯化有机物如氯仿、四氯化碳等；另一类是不挥发性的氯化有杨物。氯和酚反应形成氯酚使水味不好，其中形成2，4，6-三氯酚有致癌性，2-氯酚可使鼠胎中毒死亡。