2003年4月份以来，非典型性肺炎大面积扩散，形势非常严峻，而非典蔓延传播的途径与城市供水、污水排水密切相关。面对这种形势，建设部下发紧急通知，要求加强对城市供水、污水处理和环卫、物业管理等行业的管理，提高防疫能力。为了提高各级环境保护部门的环境应急处理能力，预防“非典”防治期间污染事故的发生，国家环保总局向全国环保系统的环境执法机构发放了《环境应急手册》，为了明确规定如何安全处置“非典”污水和“非典”废物，国家环保总局发布了《SARS病毒污染的污水应急处理技术方案》和《SARS病毒污染的废弃物应急处理处置技术方案》。非典之后，建设部和国家环保总局分别制定了医院污水和垃圾处理发展规划。

深圳、北京、河北相继出台《特许经营办法》，促进行业管理的规范化。《深圳市政公用事业特许经营管理办法》2003年3月深圳市人民政府发布，5月1日起执行；《北京市城市基础设施特许经营办法》2003年9月由北京市政府公布，10月1日起施行；《河北省市政公用事业特许经营管理办法》，2003年8月由河北省建设厅发布并执行；据悉，云南省建设厅2003年底也发布了相应的《特许经营管理办法》。专家认为，这些地方性的《特许经营（管理）办法》一致明确了在城市市政公用领域吸收民间资本和外资资本，实行特许经营制度，符合三中全会“垄断行业开发”、“社会资本准入”的精神，对规范城市水业的市场化起到了积极作用。但是，受新出台的《行政许可法》中关于行政许可发布权限的制约，在其法律效力方面面临挑战，需要进行法律升级。

我国新出台的《排污费征收使用管理条例》于7月1日起正式实施。这意味着我国已实施20多年的排污收费制度发生了重大变化。按照条例规定，今后，直接向环境排放污染物的个体工商户也应当缴纳排污费。而此前，只对单位有此要求。有关专家评价说，新的排污收费标准与国际通行的做法接轨。征收的排污费一律上缴财政，纳入财政预算，列入环境保护专项资金进行管理，全部用于污染治理。环保执法资金由财政予以保障，从制度上堵住挤占、挪用排污费等问题的发生。

《中华人民共和国行政许可法》于2003年8月27日第十届全国人民代表大会常务委员会第四次会议通过，并将于2004年7月1日起执行。专家认为，该法的出台，一方面对部门的权利扩张性行政许可产生科学约束，另一方面也限制了有关规范性规章出台的及时性。此法对中国城市水业以特许经营为代表的行业监管政策的建立已产生重大影响。近年来，建设部等有关部委积极推进包括城市水业在内的市政公用事业产业化，特许经营制度成为城市市场化推进中关系政府监管和企业收益的主要政策保障。业内各界一直期盼着市政公用事业特许经营管理办法的出台，但是行政许可法的发布，将对特许经营管理办法的出台形式和内容产生深刻影响。

1998年9月实施的《城市供水价格管理办法》，曾引发了城市水业深刻而长远的变革，可以说是城市供水市场化改革的序幕。2003年7月23日由国家发展和改革委员会与水利部联合发布，并2004年1月1日起施行的，《水利工程供水价格管理办法》将水利工程水费由行政事业性收费管理改变经营性收费，其核心内容是建立科学合理的水利工程供水价格形成机制和管理体制。专家认为，该办法将引发城市水业的产业链另一重要环节--水源工程领域的深刻变革，进而对整个水业的产业结构调整、政府监管和职能转变、水价调整、投资结构改革方面产生的深远影响。

2003年10月，十六届三中全会做出了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》，决定提出，要“适应经济市场化不断发展的趋势，进一步增强公有制经济的活力，大力发展国有资本、集体资本和非公有资本等参股的混合所有制经济，实现投资主体多元化，使股份制成为公有制的主要实现形式”。专家认为，《决定》明确要求在垄断行业放宽市场准入，引入竞争机制，而市场准入的通道是产权。随着传统国有水业企业改制的全面展开，政府公共管理职能与资产出资人职能的分离（政资分开），包括管网在内整体运营水业企业的产权改革真正拉开帷幕，上海、深圳、合肥、济南、焦作等城市水业企业的部分股权转让，已经完成或正在进行。